「我的名字叫尼基塔。」標題人物在開場白中對觀眾說，「六年前，我被政府的一個秘密機構帶出監獄，他們將我訓練成刺客。三年前，我逃走了。從那以后，他們一直在追殺我。我是第一個逃出來的人，但我敢保證，我絕不會是最后一個。」

Alex，一個來自底特律的年輕姑娘，將面臨與尼基塔相同的命運。Alex參與了一起搶劫，但是行動出現了意外……當Alex醒來時，發現身邊站著一個頭發亂蓬蓬但是穿著一身西裝的年輕男人。他自稱「Michael」，是聯邦政府的秘密雇員。Michael告訴Alex：「我們偽造了你的死亡，你以前的生活已經結束了。我們想給你一個全新的生活，但你必須全身心投入才行。」

漂亮的白人女孩，沒有任何歷史記錄，沒有背景，對謀殺有著特殊興趣，對犯罪套路十分熟悉－－這樣理想的間諜上哪去找？Alex根本就是個「完美殺手」。

于是，Alex的「新生活」就這樣開始了。她加盟了一個秘密間諜機構－－沒有人知道它的真實底細，只知道它的綽號叫「組織」。Alex與英俊、和善但是極度認真的Thom（Ashton Holmes扮演）很快成了好朋友，共同分享作為「間諜新人」的快樂與煩惱。但Alex與另一位新人Jaden（Tiffany Hines扮演）怎么也談不來。Jaden似乎對「間諜」這個身份異常興奮，渴望能盡早執行外勤任務，為她的祖國去殺人。資深間諜Amanda（Melinda Clarke扮演）專門負責訓練Alex「利用女性的種種優點來誘敵上鉤」，Alex對這位大姐姐很有好感。 與此同時，尼基塔正一步一步實施她的計劃：她與曾經虐待她的養父見了一面，還公開參加已故未婚夫Daniel的葬禮（尼基塔將自己的真實身份告訴Daniel后，「組織」派人暗殺了Daniel）。她這么做的目的只有一個：讓「組織」明白她已經回來了

「組織」的現任主管Percy（Xander Berkeley扮演）是一個名副其實的鐵面人，不茍言笑，凡事都追求「干凈」、「徹底」、「不留痕跡」。他此刻正忙于策劃代號為「黑箭」的絕密刺殺行動（刺殺一名即將赴聯合國演講的非洲將軍），根本無暇顧及尼基塔的步步緊逼。令所有人都沒有料到的是，尼基塔不僅插手此次行動，而且面對面地警告Percy和Michael（尼基塔曾和Michael相愛）：她對「組織」的內幕了如指掌，她將不惜一切代價阻止「組織」、毀滅「組織」。