被小賢消滅的數(shù)碼暴龍原來是由神秘女人利用黑暗之塔所變成的。小賢就以前作為暴龍改造者時的行為重新向孩子們道歉，但拒絕了大輔的邀請成為同伴而獨自離去。他希望一力承擔自己的罪孽……孩子們繼續(xù)重建數(shù)碼世界的工作，但對于逐漸明朗化的事實就不能整理好心情。但是那些追擊他們的數(shù)碼暴龍……新的危機正向數(shù)碼世界迫近。原來是暴龍改造者的基地中的黑暗力量將會發(fā)生大爆炸！為了阻止爆炸，需要知道善良徽章，大輔發(fā)E-mail叫小賢來，但是卻沒有回音。雖然伊織他們?nèi)圆荒苄湃涡≠t，但大輔仍然繼續(xù)等待小賢。最后他終于趕到，然后兩個人的心互相重迭，奇跡的進化就發(fā)生了，V仔獸EX與飛蟲獸合體進化成了完全體的機甲龍獸。