在東京大田區(qū)位于羽田機場附近的街區(qū)有家舊書店名叫“九十九堂”，店主是九十九櫻。舊書店的深處有一間休息室，在那里，阿櫻為無處可去的顧客們提供免費的親子飯。離家出走的少女二宮淺見每天與正木理惠等人做著不法行為，昏昏噩噩地打發(fā)著日子。

這天晚上，她們?yōu)槎惚軌娜颂拥焦珗@。就在二人腹內(nèi)空空時，理惠想起聽說附近有個免費吃親子飯的地方，于是她們找到九十九堂。在休息室里有從少年院出來后為幫妹妹實現(xiàn)偶像夢而努力工作的君冢達也，有擅長畫畫卻患有人際交往困難癥的玉軒玄，還有不良少年和孤獨癥患者。對于突然到訪的淺見和理惠，阿櫻并不深究她們的來歷，而是端出溫暖的親子飯。但當淺見提出借宿一晚時，阿櫻卻斷然回絕了。淺見被親子飯的美味感動，偶爾還會來休息室。

這天，在休息室，她向達也說了自己的身世。她一歲時差點被生母所害，是一個高中生服務員救了她，但那個少年卻受連累被殺。聽到這話，阿櫻呆呆地僵立在那里。實際上，阿櫻的兒子正是因卷入那個案件而死的。