即使付出了多人的犧牲，戰(zhàn)爭(zhēng)還是沒(méi)有結(jié)束。芙蕾離開(kāi)主天使號(hào)，受到那份對(duì)煌的割舍不下的感情牽引，卷入了自由鋼彈與天帝鋼彈的死斗中。然后，在煌的面前，被拉烏的無(wú)情之刃所殺死。在無(wú)法守護(hù)自己想守護(hù)的人的悔恨中，煌看到了芙蕾的幻影。芙蕾的靈魂終于在結(jié)束的時(shí)刻與煌融合了嗎…。另一方面，薩拉下令創(chuàng)世紀(jì)瞄準(zhǔn)攻擊地球。扎夫特軍中出現(xiàn)了試圖停止其瘋狂行動(dòng)的人士。正好在此時(shí)，阿斯蘭與卡佳理一起闖進(jìn)雅金.杜威，想阻止父親的兇行。但是他們到場(chǎng)后，卻目擊到薩拉被士官槍殺的場(chǎng)面。薩拉咽下最后一口之前，依然不停詛咒著自然人。然而他的死，并無(wú)法停止失控的事態(tài)。雅金的自爆，連帶啟動(dòng)了創(chuàng)世紀(jì)。阿斯蘭單身闖入讓核引擎失控，摧毀整個(gè)創(chuàng)世紀(jì)。行動(dòng)后阿斯蘭本想同歸于盡，卻被卡佳里制止，一同逃出。同一時(shí)刻，煌與拉烏在死斗之后，兩人同歸于盡。而在扎夫特方面，舊克萊因派發(fā)出停戰(zhàn)的呼吁，和平之路似乎已經(jīng)開(kāi)啟。阿斯蘭看著戰(zhàn)場(chǎng)凄涼的遺跡，內(nèi)心深深感到絕望。這時(shí)候，小鳥(niǎo)飛向宇宙了。它飛向化成殘骸的自由鋼彈的機(jī)體。在那里，有煌的身影…希望并沒(méi)有消失啊。