隱藏于黑暗的謎之斗士，暗黑獸 水、木、鋼之惡斗士被凱路比獸召見。凱路比獸道出鋼之惡斗士水銀獸隱瞞了塞拉菲獸的資料而使其很惱怒。眾人來到黑暗大陸，不安的預感籠罩整塊大陸……眾人遇到性行溫和的蝙蝠獸，但是樹獸卻立即出現吸收了蝙蝠獸的數據并進化成花瓣龍獸襲擊眾人。眾人進化成獸型迎戰，但是花瓣龍獸吃掉森林道理的樹木而變得巨大，實力大增，還能自我恢復，五獸對它毫無辦法。但眾獸團結起來，封鎖花瓣龍獸的攻擊并用合技將其打倒，最終將搶去木之獸型魂。此時最后一個惡斗士——代表暗的黃昏獸出現了，出乎眾人的意料，它竟然一劍將樹獸殺死然后面對眾獸，一場惡戰即將開始！