袁崇煥奉旨來見朱由檢，文武百官也都在場，袁崇煥自稱庶民，朱由檢故意找茬，譴責袁崇煥看不上他的封賞，卻情愿讓皇太極封侯加爵，朱由檢讓六部尚書和各級言官，一一列舉袁崇煥的罪行，他們分別對袁崇煥口誅筆伐，溫體仁搬出范文程誣陷袁崇煥的密信，他始終一言不發，朱由檢把百官打發走，單獨把袁崇煥留下來，袁崇煥反復聲明自己問心無愧，懇請朱由檢殺了他，就可以平息天下眾怒，以保大明江山穩固，朱由檢痛心疾首，他很清楚袁崇煥所做的一切都是為了朝廷，可不得不殺了他，袁崇煥覺得自己死不足惜，懇請朱由檢下決心掃蕩積弊，破舊立新，否則皇太極圍京之禍會再次重現。

文武百官一起跪請朱由檢，賜死袁崇煥，朱由檢權衡再三，做出了最后決定，這是一個艱難的選擇，也是袁崇煥的選擇。梁廷棟除掉了一切障礙，可他一點也高興不起來，腦海中閃現出孫靈汐對他的失望，香蓮的苦苦哀求，袁崇煥的錚錚豪言，以及孫承宗的諄諄教誨，溫體仁提醒梁廷棟不要有婦人之仁，如果想坐穩內閣首輔，就要有一顆鐵石心腸，還給他大講為官之道。

程本直來詔獄陪袁崇煥下棋，并向他匯報了此行一無所獲，根本沒有找到那個世外高人，程本直一直想不通，袁崇煥為何毛文龍的賬冊公布于眾，袁崇煥發現京中百官和天下的巡撫都在這本賬冊之中，他害怕絕望了，那時候就知道自己五年平遼的計劃會遙遙無期，袁崇煥聲明之所以把皇太極引到京師大戰，就是想讓朱由檢清楚貪腐的危害，讓百官警醒，激起百姓保護家園的斗志，大家一起同仇敵愾和皇太極的部隊決戰，可事與愿違，程本直替他不值，大明已經腐朽到根基，袁崇煥卻要以己之命來警醒世人，可他心甘情愿，無怨無悔，程本直苦苦懇求袁崇煥為了遼東的將士們也要活下來，他想出一個計劃，可以保袁崇煥重返遼東，可袁崇煥心意已決，程本直也只好作罷。

梁廷棟主動來找孫承宗，懇求孫靈汐和他一起回家，梁廷棟發誓會竭盡全力把袁崇煥救出來，他想出一個辦法。孫靈汐到處找程本直，想讓他按照梁廷棟的主意幫忙救出袁崇煥，最后在酒館找到了程本直，可他借酒澆愁，喝得醉醺醺的，口中反復念叨道長留下的四個字“因清而清”，孫靈汐只好先帶胡三離開。

朱由檢商量補充內閣的人選，百官舉薦梁廷棟入內閣，朱由檢當場答應他入內閣。袁崇煥身陷囹圄，還寫信給祖大壽，反復叮囑他不要擅自行動，要遵從皇上調令，否則會讓關寧軍萬劫不復，祖大壽和謝尚政無奈，只好照辦。吳三桂接到消息，朱由檢要把袁崇煥凌遲處死，他立刻來向祖大壽匯報，謝尚政發誓要帶將士們殺回去，為袁崇煥報仇，祖大壽也想為袁崇煥報仇，可他時刻記著袁崇煥的囑托，保住關寧軍，守住遼東，不想讓袁崇煥死不瞑目，謝尚政不甘心，他脫下盔甲，頭也不回地離開了關寧軍，祖大壽傷心地嚎啕大哭。

梁廷棟出主意讓孫靈汐去找程本直，讓關寧軍三日以后配合行動，梁廷棟負責支開詔獄的看守，讓他們劫獄救人，并且答應事成之后讓孫靈汐和袁崇煥遠走高飛，謝尚政也來參加行動，孫靈汐，胡三和小蘭一起來參加。卲千戶答應幫袁崇煥了卻心愿，當初楊漣就留給他一封絕命書，可袁崇煥向清清白白地離開，他決定慷慨赴死。孫靈汐和謝尚政等人殺掉了鎮撫司的錦衣衛，順利來到詔獄救袁崇煥，袁崇煥斷定她們是被人設了圈套，堅決不許他們砸門，可孫靈汐堅持要和袁崇煥共進退，袁崇煥當場跪下懇求他們，他不想連累私下里和謝尚政他們。