確保人類生存下去的重任全都落在Tom和Lexi肩上，他們必須擊敗Tom的死敵并設法摧毀Espheni的能量核心才能獲得成功。與此同時，一種新型的、更加可怕的Espheni炸彈被投向第二獨立團藏身的中國城，第二獨立團的成員全都失去了行動能力，只能乖乖地束手就擒，等待他們的將是「被改裝成人類突擊者」的厄運。