行刑之時，京城果然發生地震，行刑因此而被耽擱，玄燁想借天怒之名赦免湯若望的死罪，孝莊也暗示輔臣予以大赦，輔臣不甘心因此功虧一簣，雖將湯若望一干人等罪刑減等，卻毅然由斬首改判降為自縊，漢臣們對輔臣的做法怒不可遏，陷入絕望。玄燁也終于忍無可忍，決定最后放手一搏，想出制造天意假借天意之名以迷信對迷信，以其人之道還治其人之身，于是偷偷命人放火焚毀了坤寧宮，心知肚明的孝莊借機將輔臣的一意孤行痛斥一番，輔臣最終只得退讓，赦免了湯若望。歷時半年多之久的天算案終于了結。可惜飽嘗牢獄之苦的湯若望加上重病在身，不多幾日也辭世而去，玄燁對于孝莊在整件天算案中所表現出來的冷淡及其太皇太后身份下所掩飾的深不可測而與孝莊之間產生隔閡。