公元2015年，一個巨大的人型生物在日本登陸。出動的國聯軍，將那生物稱作“使徒”，并予以猛烈地攻擊，但就連最新的兵器“N2地雷”，亦只是在短時間內減緩了使徒的步伐。與此同時，一個名為碇真嗣的少年被其父源堂呼喚至第三新東京市地下的NERV本部。碇真嗣和身為NERV司令官的父親碇元渡有十年的時間都不在一起，面對許久不見的兒子，碇司官所說的只是：“坐上EVA。”消極的少年拒絕接受命令，但當他見到一位身負重傷的少女即將乘坐初號機出擊時，他改變了自己的決定。