人類補完委員會召開了特別召集會議，對NERV的成績作總結。對于使徒侵入一事，碇源堂予以否認。與此同時，機體互換實驗正在進行中。麗可順利乘坐初號機，但真嗣卻受到了來自零號機的精神污染。又一次陷入暴走狀態的零號機，拼命地攻擊觀察室的窗戶。這樣的情形，在美里的心里引起了不少的疑問，但律子卻對于暴走的原因予以保留。