三號機運到后，美里也前往松代指揮啟動實驗，但她沒能告訴真嗣有關東治的事。實驗中，三號機失控，原因是被第十三使徒寄生。EVA三機出動攔截使徒，零號與二號機相繼被擊敗。真嗣得知三號機內有駕駛員后拒絕執行任務。于是元渡命令打開初號機的模擬作戰系統，將三號機撕成了碎片……