在沒有受過特殊訓(xùn)練的情況下，真嗣就和EVA 達(dá)成同步和使徒作戰(zhàn)。射出后與第三使徒對峙的初號機(jī)，因為真嗣不熟悉操作，也無實戰(zhàn)經(jīng)驗，在遭到使徒的攻擊后活動停止。但在真嗣昏迷后初號機(jī)奇跡般地再啟動，在失控的狀態(tài)下，用壓倒的戰(zhàn)力將使徒擊潰。面對冷漠的父子態(tài)度，美里提出要真嗣與她同住的要求。14歲的自我封閉少年與29歲的單身美女的共同生活就此開始。美里對真嗣作戰(zhàn)的成績表示贊賞，但真嗣希望這話是出自另一人之口。