朝廷同時任命沈葆楨任欽差大臣，赴臺灣處理軍務。 劉永福派曾阿富將犧牲的黑旗軍弟兄們的骨灰帶回廣西老家,并護送劉永福妻小回去見母親，讓義子認祖歸宗。 廣西巡撫潘鼎新奉命逮捕劉永福妻小，而廣西提督馮子材深敬劉永福其人，設計解救，后因此事，被革職，歸家養老。越南國王望劉永福駐留，條件是入越南籍，劉永福不愿。他想起馮提督曾寫書信，希望他回國報效，決定去鎮南關找馮子材聯合抗法。潘鼎新在鎮南關設下圈套準備剿滅黑旗軍，劉永福因不愿雙方相殘而撤退。此時，越南國王也同意讓他保留國籍，以客軍身份駐扎。 沈葆楨精心計劃,欲痛擊已登陸的日軍，卻突然收到朝廷密令“釁不我開”，只好按兵不動。沈請旨應戰，西太后借機教導同治帝,此事也改由恭親王出面與日方交涉。臺灣戰事影響其它列強的貿易往來，他們向朝廷抗議，清廷措手不及。 1874年10月31日,舉棋不定的清廷拒絕了沈葆楨的請戰，同日本簽訂《中日北京專條》。不久，同治帝辭世，光緒帝登基。光緒五年，日本以北京專條為由,正式吞并琉球國，改為沖繩縣。